Vắng lời kinh kệ sớm chiều

Am thanh cảnh vắng tiêu điều mấy đông

Đầu non trơ bóng nguyệt lồng

Cảnh tiên vắng bóng bụi hồng vào ra

Sau đó có Tổ Sư Thông Dụng tới trụ trì, tiếp nối là Tổ Sư Thích Tuấn Nhã, Tổ Sư Chiến Trực, Tổ Sư Thông Lâm, Tổ sư tâm Chúc, Tổ Sư Thanh Hữu, Tổ Sư Thanh Quyết trụ trì với sự giúp đỡ của tín đồ phật tử, thiện tín muôn phương, chính điện chùa Thiên Trù được khởi công xây dựng lại. Sang đời trụ trì của Đại Sư Thanh Tích công việc xây dựng kiến thiết Thiên Trù vẫn được tiếp tục: Để rồi chùa Thiên Trù trở thành một lâu đài nguy nga tráng lệ “Biệt chiếm nhất nam thiên“ hiện lên giữa núi rừng Hương Sơn như một kiến trúc độc đáo.

Thời bấy giờ Chùa Thiên Trù được xây dựng trên một mảnh đất hình chữ nhật chạy dài suốt từ chân dốc cho tới bức tường ngăn giữa khoảng đất bằng phẳng và núi Sau Chùa. Kiểu kiến trúc của Thiên Trù có tên là “Ngũ môn tam cấp” - tức năm cửa ba bậc. Qua cổng là đến sân. Hai bên sân là hai dãy nhà tranh làm nơi ăn nghỉ cho du khách trong ngày hội. Qua sân là đến bảo thềm thứ nhất – đây cũng là một cái sân. Trước bảo thềm này có đặt một đỉnh đồng cao 3m dùng để khói nhang. Qua sân bảo thềm thứ nhất là đến bảo thềm thứ hai – là một cái sân cao hơn.

Hai bên sân bảo thềm thứ hai là những gian nhà cầu cho khách ngủ trọ. Tiến đến sân bảo thềm thứ ba cao hơn một chút, qua hai cửa tam quan nối vào Tam Bảo chính là nơi thờ Phật. Hai bên Tam Quan là gác trống bên trái và gác chuông bên phải. Hai bên Tam Bảo là hai bể nước, các buồng sư, buồng cung văn, nhà dấu, nhà oản,…vv. Phía sau Tam Bảo là điện Thánh Mẫu bên trái, gác tàng thư, nhà Tổ ở giữa và Thiên Thuỷ tháp bên phải.

Có thể nói Chùa Thiên Trù là một công trình kiến trúc văn hóa nghệ thuật Lê - Nguyễn. Sự bố cục rất hài hòa:tam bảo, tiền đường, nhà thờ tổ, nhà thờ mẫu, nhà khách, các nhà kho…có đủ phương tiện sinh hoạt cho hàng trăm người nghỉ lại lễ phật qua đêm. Đây là một ngôi chùa nổi tiếng thế kỷ XIX và nửa đầu thế kỷ XX.

Tuy nhiên, trong cuộc kháng chiến chống Pháp (1946 – 1954) giặc Pháp đã đánh và ném bom ra vùng đất Hương Sơn 3 lần (1947, 1948 và 1950). Ngày 11 tháng 2 năm 1947 (tức năm Đinh Hợi) Tam Bảo và một số công trình đã bị giặc Pháp tàn phá. Trong suốt 15 ngày, Chùa Thiên Trù bị lửa thiêu không sao dập tắt nổi. Đến năm 1950, lại một lần nữa giặc Pháp cho máy bay ném bom tàn phá toàn bộ các công trình, chỉ còn lại vườn Tháp là không bị tàn phá nặng nề. Sang năm 1951 (tức năm Tân Mão), Hoà thượng Thanh Chân đã cho dựng lên từ đống tro tàn đổ nát 6 gian nhà tranh để có nơi tu hành và nhang khói.

Sau khi hoà bình lập lại trên đất Bắc, được sự quan tâm của Đảng và Nhà nước cùng với sự đóng góp công đức của thập phương, Hoà thượng Thích Thanh Chân cùng chính quyền và nhân dân địa phương đã khởi dựng 7 gian nhà khách khang trang vào năm Mậu Tuất (1958), tạm thời làm nơi thờ Phật và để thập phương về Lễ hội dâng hương, từng bước xóa dọn vết tích chiến tranh.

Từ năm 1984 đến 1985, Ty Văn hoá – Thông tin Hà Sơn Bình (nay là Sở Văn hoá – Thông tin tỉnh Hà Tây) đã cùng nhà chùa tranh thủ sự ủng hộ của du khách thập phương, xây dựng lại gác chuông 8 mái theo kiểu chùa Ngăm ở giữa sân Thiên Trù. Đặc biệt, kể từ năm 1989 Ban xây dựng chùa Hương đã được thành lập do Hoà thượng Thích Viên Thành làm Trưởng ban. Kể từ đây, Ban xây dựng Chùa Hương đã vận động nhân dân, phật tử thập phương cùng sự chỉ đạo của ngành văn hoá tỉnh đã khởi công xây dựng toà Tam Bảo (ngày 18 tháng 3 năm 1989), và đến ngày 11 tháng Giêng năm 1991 thì được khánh thành.

Năm 1992 Ban xây dựng khởi công xây dựng điện Hương Thuỷ và khánh thành vào ngày 11 tháng Giêng cùng năm. Điện Hương Thuỷ là nơi thờ tượng Mẫu Liễu Hạnh - người được mệnh danh là Mẫu nghi thiên hạ. Đây là công trình mang phong cách dân gian của nhà điêu khắc Trần Tuy. Năm 1993, Tổ đường và Bảo điện phía sau Tam Bảo được xây dựng và khánh thành vào ngày 11 tháng Giêng năm Quý Dậu (1993). Cùng năm này, động Vân Thuỷ Thiền Thiên nằm phía trên Thiên Thuỷ Tháp, nơi thờ Thượng ngàn chúa tể cũng được khai mở khánh thành. Năm 1994, cổng Nam Thiên Môn cũng được hoàn thành vào đúng ngày 11 tháng Giêng, đứng sừng sững giữa núi rừng Hương Sơn.

Trải qua hai thập niên qua, Chùa Thiên Trù luôn được tô điểm thêm những nét vẽ cho bức tranh thiên nhiên hùng tráng bằng những công trình kiến trúc đặc sắc. Được như vậy là nhờ công đức to lớn của tín đồ, du khách thập phương, của nhân dân sở tại và đặc biệt là sự cố gắng chăm lo vun đắp của cố Thượng toạ Thích Viên Thành và Đại đức Thích Minh Hiền - người đang giữ vị trí trụ trì Chùa Hương.

Hiện nay, với quần thể kiến trúc nguy độc đáo Thiên Trù trở thành trung tâm của thắng cảnh Hương Sơn.